Está situada en la parte suroriental de la comarca de Sierra de Cazorla. A cuatro kilómetros del límite con la provincia de Granada, cerca de esta localidad se encuentran los núcleos de Hinojares, Cañada Morteros y La Colonia. La palabra Fontanar, significa nacimiento, y hace alusión a los infinitos manantiales sobre los que se asientan sus casas. Un importante desnivel lo separa del valle del río Guadiana Menor, dando origen a una ladera con profundos barrancos de elevadas pendientes (con desniveles de hasta 400 metros, a veces en perfecta verticalidad). Desde lo alto, enclaves como el Mirador del Lirio (punto geodésico de 898 metros) ofrecen vistas de prácticamente toda Andalucía Oriental, desde donde se puede observar el atardecer.